Olimpijada u Ateni 1906. pokazala se izvanrednom jer njeni organizatori nisu ispunili zahtjev za tradicionalnom četverogodišnjom pauzom između igara. Iz tog razloga, Međunarodni olimpijski odbor čak nije službeno priznao Olimpijske igre.
Igre 1906. održane su u čast desete godišnjice prvih Olimpijada koje su se također održale u Ateni. Kako bi dodatno naglasili povezanost dvaju događaja, organizatori Olimpijade odabrali su isti natjecateljski plan kao 1896. godine. Uglavnom su se natjecanja održavala na mramornom stadionu.
U početku, kada je iz Grčke stigao prijedlog da se domaćin Olimpijade 1906., MOK nije kategorički odbio. Činjenica je da je do tada prestiž Olimpijskih igara opao, a javnost više nije pokazivala svoje nekadašnje zanimanje za njih. Da bi se spriječio konačni kolaps olimpijskog pokreta, bilo je potrebno poduzeti mjere, a nije se moglo pričekati do 1908. godine. I iako MOK nakon toga odbije priznati Olimpijske igre 1906., to će se nazivati spasom igara, što je omogućilo da se interes javnosti i posebno sportaša vrati događaju, da podrže pokret i njegovu samu ideju.
Poteškoća je bila i u tome što je, prema tradiciji, Olimpijada trebala biti održana u različitim zemljama svijeta, ali 1906. godine planirano je da se manifestacija održi u Grčkoj, što je izazvalo nezadovoljstvo članova MOO-a. Na ovaj ili onaj način, ali 22. travnja održano je svečano otvaranje igara. Budući da su mediji puno pažnje posvetili Olimpijadi 1906. godine, mnogi sportaši i gosti stigli su u Atenu.
Manifestaciji je prisustvovalo oko 900 sportaša iz 20 zemalja, među njima sedam žena. U okviru Olimpijskih igara 1906. godine održana su natjecanja u sljedećim sportovima: dizanje tegova, grčko-rimsko hrvanje, mačevanje, veslanje, jedrenje, plivanje, ronjenje, atletika, gađanje klupama i metcima, biciklizam i tenis. Nažalost, budući da MOK nije priznao Olimpijske igre 1906. godine, sve nagrade koje su dobili od njegovih sudionika bili su nevažeći i nisu uzeti u obzir u budućnosti.
Ceremonija zatvaranja Olimpijskih igara održana je 2. svibnja. Nakon događaja dugo su se raspravljali o njegovim rezultatima u različitim zemljama, što je značajno povećalo interes javnosti za igre. To je postalo posebno vidljivo tijekom Olimpijade 1908. u Londonu, na kojoj je sudjelovalo više od 2.000 sportaša.
